Bakteriologiset näytteet tulisi pyrkiä ottamaan ennen mikrobilääkehoidon aloittamista. Näytteenotossa on tärkeää välttää alueen normaaliflooran kontaminaatiota. Liian niukka näytemäärä voi aiheuttaa väärän negatiivisen tuloksen. Pinnallisten näytteiden lähettämiseen suositellaan geelikuljetusputkea. Syvien märkänäytteiden kuljetukseen suositellaan eswab-putkea tai bakteerikuljetusputkea.
Tutkimuspyyntöön on tarpeen merkitä myös kliininen diagnoosi/kysymyksenasettelu, sekä näytteen laatu (esim. nielunäyte, leikkaus-haavaerite, punktionäyte) ja ottokohta (esim. oikea kainalo, vasemman keskikorvan erite, polvipunktioneste). Käynnissä oleva tai suunniteltu mikrobilääkehoito on tärkeää merkitä pyyntölomakkeelle. Lähetetietojen tarkka kirjaaminen auttaa löydösten merkityksen arvioinnissa. Näytteet tulee toimittaa tutkittavaksi mahdollisimman nopeasti. Tutkimuskohtaiset näytteenotto- ja säilytysohjeet ovat Laboratoriokäsikirjassa. Osalle tavallisimmista tutkimuksista löytyy myös asiakasohje.
Sieninäytteiden otossa on huomioitava mahdollisen edeltävän sienilääkityksen varoajat. Yksityiskohtaiset ohjeet löytyvät Laboratoriokäsikirjasta.
Yleisin näytemateriaali on seerumia, joka tarvittaessa erotellaan tutkimuskohtaisen ohjeen mukaisesti. Yksityiskohtaiset ohjeet löytyvät Laboratoriokäsikirjasta. Useimmista virustutkimuksista annetaan lausunto, jonka pohjaksi tarvitaan mahdollisimman yksityiskohtaisia kliinisiä ja epidemiologisia tietoja potilaasta. Lähetteen ja pyynnön lisätietojen huolellinen täyttäminen on siten olennaisen tärkeää.